Der Arbeitgeber hat dafür Sorge zu tragen, dass
• die Richtigkeit des Lohnsteuerabzugs jederzeit anhand geeigneter Unterlagen (insbesondere Lohnkonten, Geschäftsbücher) nachprüfbar ist (VwGH 3.7.1970, 0975/69),
• die tatsächliche Nachprüfung unter Beachtung der Verpflichtungen gemäß § 87 EStG 1988 ermöglicht wird.

Der Arbeitnehmer hat bei Prüfungshandlungen den sich aus § 88 EStG 1988 ergebenden Verpflichtungen nachzukommen.

Die Lohnsteuerprüfung umfasst auch die Prüfung der Einhaltung aller für die Erhebung des Dienstgeberbeitrages (§ 41 FLAG) und des Zuschlages zum Dienstgeberbeitrag (§ 122 Abs. 7 Wirtschaftskammergesetz 1998) maßgebenden Verhältnisse.

Gemeinsam mit der Lohnsteuerprüfung ist die Sozialversicherungsprüfung (siehe § 41a ASVG; siehe auch Rz 1220) und die Kommunalsteuerprüfung (siehe § 14 KommStG 1993) durchzuführen.

Der Prüfungsauftrag ist von jener Institution zu erteilen, die die Prüfung durchführt, und zwar auch für die anderen erhebungsberechtigten Institutionen. Prüft das Finanzamt, dann hat dieses auch den Prüfungsauftrag für die Sozialversicherungsprüfung und die Kommunalsteuerprüfung auszustellen. In diesem Fall wird der Prüfer des Finanzamtes gleichzeitig als Organ der zuständigen Krankenversicherungsträger und der betroffenen Gemeinden tätig.

Über das Ergebnis der Prüfung sind die anderen Institutionen zu informieren. Die betroffenen Institutionen sind an den Prüfungsbericht des Prüfers nicht gebunden, sondern können in allenfalls zu erlassenden Bescheiden von den Feststellungen des Prüfers abweichen.

Die Aufrechnung von bei der Aufrollung nach § 77 Abs. 3 und 4 EStG 1988 rückgezahlter Lohnsteuer mit einbehaltener Lohnsteuer hat jeweils pro Betriebsstätte (§ 81 EStG 1988) zu erfolgen. Bei fehlerhafter (doppelter) Verrechnung rückgezahlter Lohnsteuer ist bei der Lohnsteuerprüfung auch zu untersuchen, ob die fehlerhafte Verrechnung nicht bereits durch eine zwischenzeitige Mehrüberweisung ausgeglichen worden ist (VwGH 14.6.1968, 1719/66).

Bei einer pauschalen Lohnsteuernachforderung gemäß § 86 Abs. 2 EStG 1988 muss die auf den einzelnen Arbeitnehmer entfallende Lohnsteuer zumindest errechenbar sein (vgl. VwGH 25.6.1985, 85/14/0040; VwGH 14.10.1992, 90/13/0009). Eine Ausnahme von diesen Grundsätzen wird vorliegen, wenn feststeht, dass der Arbeitgeber Arbeitnehmern nicht (ordnungsgemäß) versteuerte Vorteile aus dem Dienstverhältnis gewährt, der Arbeitgeber aber der Abgabenbehörde die Möglichkeit nimmt, die betreffenden Arbeitnehmer festzustellen (VwGH 24.5.1993, 92/15/0037).

Stehen im Konkursverfahren zum Zeitpunkt der Anmeldung von Forderungen die Abgabenbeträge noch nicht fest, sind sie im Schätzungswege zu ermitteln (siehe AÖF Nr. 313/1995).

Die Träger der gesetzlichen Sozialversicherung haben ohne Aufforderung die Feststellungen und das Ergebnis aller Prüfungen (§§ 41a und 41 Abs. 1 ASVG) dem Finanzamt zur Verfügung zu stellen.

Die Zollbehörden und Zollorgane haben im Rahmen ihrer Tätigkeiten an der Erhebung von Abgaben und Beiträgen mitzuwirken. Insbesondere haben sie zu erheben, ob die lohnabhängigen Abgaben ordnungsgemäß einbehalten und abgeführt wurden und ob die versicherungs- und melderechtlichen Bestimmungen des ASVG eingehalten wurden.

Zur Vollziehung der gemeinsamen Prüfung und der damit verbundenen Prüfungsauswahl bzw. der Erstellung der Prüfungspläne haben die Finanzämter die für die Erhebung von lohnabhängigen Abgaben bedeutsamen Daten den Krankenversicherungsträgern und den Gemeinden zu übermitteln.