Die Richtigkeit des vom Arbeitgeber vorgenommenen Lohnsteuerabzuges muss jederzeit aus den nach § 76 EStG 1988 vorgeschriebenen Aufzeichnungen, aus den Lohnkonten, Geschäftsbüchern und sonstigen Unterlagen (§ 87 EStG 1988) ersichtlich sein (vgl. VwGH 8.1.1963, 947/61). Die Lohnkonten dürfen im Inland oder im Ausland geführt werden. Bei einer Führung der Lohnkonten im Ausland muss gewährleistet sein, dass die Erforschung der für die Abgabenerhebung wesentlichen tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse ohne Erschwernisse möglich ist. Über ausdrückliches Verlangen der Abgabenbehörde (etwa im Rahmen einer gemeinsamen Prüfung lohnabhängiger Abgaben) müssen die Lohnkonten ins Inland gebracht werden. Die Abgabenbehörde muss dafür eine angemessene Frist festsetzen (§ 131 Abs. 1 BAO).
Jene Daten, die in das Lohnkonto einzutragen sind, sind in § 76 Abs. 1 EStG 1988 sowie für Lohnzahlungszeiträume des Jahres 2005 in der Lohnkontenverordnung 2005, BGBl. II Nr. 116/2005, und für Lohnzahlungszeiträume ab 1. Jänner 2006 in der Lohnkontenverordnung 2006, BGBl. II Nr. 256/2005, enthalten.

Kommt der Arbeitgeber seiner Verpflichtung nach § 76 EStG 1988 nicht nach und ist daher die Behörde außer Stande, die Grundlagen für die Berechnung der Lohnsteuer an Hand der vorgelegten Aufzeichnungen zu ermitteln, ist die Behörde gemäß § 184 BAO zur Schätzung berechtigt (vgl. VwGH 17.9.1963, 1010/61; VwGH 20.9.1965, 1866/64; VwGH 16.11.1993, 93/14/0139). Wenn anlässlich einer früheren Außenprüfung Mängel in den Aufzeichnungen für den Prüfungszeitraum nicht zum Nachteil des Steuerpflichtigen aufgegriffen wurden, hindert das die Behörde nicht, in späteren Jahren gleiche Fehler nicht unbeachtet zu lassen und daraus die abgabenrechtlichen Konsequenzen zu ziehen (vgl. VwGH 14.1.1980, 43, 179, 537/79). Die ordnungsgemäße Führung des Lohnkontos kann allerdings einen Tatsachenbeweis nicht ersetzen. Aus den Lohnkonten ersichtliche Zahlungen an Arbeitnehmer sind (für sich allein) nicht geeignet, einen Beweis über die genaue Anzahl und zeitliche Lagerung der einzelnen vom Arbeitnehmer konkret geleisteten Überstunden zu liefern (vgl. VwGH 25.1.1980, 851/78).

Die Ausgliederung von Abfertigungsverpflichtungen (Jubiläumsgeldverpflichtungen, EStR 2000 Rz 3369a) lässt die lohnsteuerlichen Pflichten des auslagernden Arbeitgebers zur Führung eines Lohnkontos (§ 76 EStG 1988) sowie die Haftung für die Lohnsteuerabfuhr (§ 82 EStG 1988) unberührt. Die Versicherung hat im Leistungsfall (Fälligkeit des Abfertigungs- oder Jubiläumsgeldanspruches) daher entweder die auf die Abfertigung (das Jubiläumsgeld) entfallende Lohnsteuer für Rechnung des Arbeitgebers (Versicherungsnehmers) an sein Betriebsfinanzamt abzuführen oder die auf die Abfertigung (das Jubiläumsgeld) entfallende Lohnsteuer dem Arbeitgeber (Versicherungsnehmer) zum Zweck der Lohnsteuerabfuhr durch ihn zu überweisen. In beiden Fällen gelangt nur die um die Lohnsteuer gekürzte (Netto-) Leistung an den bezugsberechtigten Arbeitnehmer zur Auszahlung. Die Bestimmungen des § 86 EStG 1988 (Lohnsteuerprüfung) und § 87 EStG 1988 (Verpflichtung der Arbeitgeber) werden durch die Ausgliederung der Abfertigungsvorsorge ebenfalls nicht berührt.

Gemäß § 1 Z 1 der Lohnkontenverordnung 2005, BGBl. II Nr. 116/2005, und der Lohnkontenverordnung 2006, BGBl. II Nr. 256/2005, ist der gezahlte Arbeitslohn unter Angabe des Zahltages und des Lohnzahlungszeitraumes fortlaufend in das Lohnkonto einzutragen. Der Zahltag ist grundsätzlich der Tag der Bezahlung durch den Arbeitgeber. Es bestehen keine Bedenken, wenn bei regelmäßiger Lohnzahlung der Tag laut lohngestaltender Vorschrift (§ 68 Abs. 5 EStG 1988) oder der Tag, der der betrieblichen Übung entspricht, eingetragen wird.

In allen Fällen des § 69 EStG 1988 und des § 70 EStG 1988 ist ebenfalls ein Lohnkonto zu führen. Ein Lohnkonto ist für jeden Arbeitnehmer, also auch bei kurzfristig beschäftigten Aushilfskräften zu führen.

Für Arbeitnehmer, die im Inland weder der beschränkten noch der unbeschränkten Steuerpflicht unterliegen, braucht kein Lohnkonto geführt werden, wenn die gemäß § 76 Abs. 1 EStG 1988 und §§ 1 und 2 der Lohnkontenverordnung 2005, BGBl. II Nr. 116/2005) und der Lohnkontenverordnung 2006, BGBl. II Nr. 256/2005 erforderlichen Daten aus anderen Aufzeichnungen des Arbeitgebers hervorgehen. Für Arbeitnehmer, die von inländischen Arbeitgebern ins Ausland entsendet werden, ist hingegen ein Lohnkonto zu führen.

Bei Vorliegen von teilweiser Auslandstätigkeit (§ 3 Abs. 1 Z 10 oder Z 11 EStG 1988) ist für diese Tätigkeit ein eigener Lohnzettel auszustellen. Für die Inlandstätigkeit sind auf dem zusätzlichen Lohnzettel nur die auf die Inlandstätigkeit entfallenden Abzugsbeträge anzuführen.

Folgende Unterlagen sind im Original beim Lohnkonto aufzubewahren:
• Erklärung zur Berücksichtigung des Alleinverdiener/Alleinerzieherabsetzbetrages (§ 129 EStG 1988, Formular E 30)
• Erklärung zur Berücksichtigung des Pendlerpauschales (§ 16 Abs. 1 Z 6 EStG 1988, Formular L 34)
• Mitteilung zur Vorlage beim Arbeitgeber (§ 64 EStG 1988)
• Expatriates: Belege über Mietkosten und Betriebskosten (Rz 1038e), Schulbesuchsbestätigung (Rz 1038f)
• Freiwillige Abfertigung (alt) - Bestätigung über Vordienstzeiten
• Mitarbeiterbeteiligung – Vorlage des Depotauszuges (Rz 90)
• Stock Options – Durchschrift der Vereinbarung (Rz 90h)
• Anzahl der geleisteten Überstunden (§ 26 Arbeitszeitgesetz)

Die Aufbewahrung dieser Unterlagen kann entweder in Papierform oder durch Erfassung auf Datenträgern erfolgen, sofern die vollständige, geordnete, inhaltsgleiche und urschriftgetreue Wiedergabe bis zum Ablauf der gesetzlichen Aufbewahrungsfrist jederzeit gewährleistet ist (§ 132 Abs. 2 BAO). Die urschriftgetreue Wiedergabe kann bspw. durch Erfassung auf einer optischen Speicherplatte, durch Mikroverfilmung oder durch Einscannen sichergestellt werden. Außerdem können diese Unterlagen an anderer Stelle (zB bei den Personalakten) körperlich oder auf Datenträgern abgelegt werden, sofern das jeweilige Lohnkonto einen eindeutigen Hinweis auf die Art der Unterlage und den Ablageort enthält.

Bei einem Arbeitgeberwechsel ist die Mitteilung zur Vorlage beim Arbeitgeber (§ 64 EStG 1988), die sich beim laufenden Lohnsteuerabzug auswirken kann, dem Arbeitnehmer auszuhändigen, damit sie dieser dem neuen Arbeitgeber vorlegen kann.